На Молочном лимане после открытия промоины, соединяющей лиман с Азовским морем, живут многочисленные виды рыб.
Из рыб в Молочном лимане в значительном количестве встречаются атерина (молодь), пиленгас, камбала глосса. Менее многочисленными являются калкан, бычок травянник, хамса. После открытия канала в 2020 и особенно в 2021 в лиман массово зашли вышеперечисленные виды на нерест. В настоящее время часть из них уже вернулась в море. Молодь (одно-двухлетки) пиленгаса теперь заходят в лиман на нагул.
Благоприятные условия и для развития морского зоопланктона в лимане.
-По результатам учетов зоопланктона (ракообразные и личинки многощетинковых червей) установлено достаточно высокую его плотность в поверхностном слое. Донная фауна представлена преимущественно разноногими и равноногими ракообразными, моллюски и многощетинковые черви были малочисленными, - отмечают в Приазовском нацпарке.
Ученые и инспекторы отдела госохраны Приазовского нацпарка постоянно проводят наблюдения за процессом восстановления экосистемы Молочного лимана. Активно проводится природоохранная деятельность, направленная на сохранение в первую очередь ихтиофауны и орнитофауны.